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Esta serie comienza con la planeación de un festival en Japoness. Otaru esta dentro del comité, aunque sus ideas chocan un poco con las de los otros miembros. Con la llegada de Loreley a Terra II, las personas se han replanteado mucho la utilidad de las marionetas, lo que hace que Lime se sienta un poco insegura y sienta que Otaru va a dejarlas. Después de armar unos cuantos desastres, Otaru se enfada con Lime, que corre, y nadie puede encontrarla. Después de un rato de buscarla, la encuentran al pie de la estatua, donde ella le explica a Otaru porque se sentía preocupada, y él le dice que nunca las va a dejar. El festival se lleva a cabo exitosamente. Los capítulos que siguen hablan un poco más sobre los distintos personajes de la serie: La familia de Hanagata, La situación de Faust y sus Marionetas, lo que sucedió en la Mesopotamia después de que Lorelei fue liberada.
En el capítulo especial de Bloodberry, ella se enamora de un trapecista, Akashi, que se parece bastante a Otaru; el le pide que se quede a su lado, pero al final, después de mucho pensarlo, decide quedarse con Otaru.
Lime tiene un sueño, con un hada, y esto es extraño, ya que en Terra II casi no existen los cuentos de hadas. Lime va a un lago donde se encuentra con el hada de su sueño, juegan juntas, hasta que un día Lido le dice que tiene que marcharse. Lime se dedica a buscarla, pero después de todo encuentra una pequeña caja musical, con una proyección de Lido, y que tocaba la canción que cantaban las dos juntas. Un niño llega a pedirle la caja, ya que la había perdido hace un tiempo, y Lime decide regresarsela.
En el de Cherry, ella encuentra a un bebé, que se perdió de el camión del laboratorio, y hace lo posible por cuidarlo. Como ve que las autoridades lo buscan, decide escapar para poder cuidar a su hijo. Todo empeora, porque es peligroso para el pequeño estar fuera del laboratorio, y Cherry se niega a entregarlo, a pesar de Otaru. Al final, Cherry se da cuenta de que debe entregar al niño, por su propio bien.
En otro capítulo, que podría llamar especial y aún de introducción, Lime protege un bosque, que querian derribar para construir un parque, y al final les hace ver a todos lo importante que son esos árboles para todos. Construyen el parque, pero conservan todos los árboles.

A partir de aquí, la historia de los capítulos ya va enlazada.
Otaru y sus Marionetas visitan a Lorelei, que se ve un poco deprimida, por pasar tanto tiempo encerrada en el castillo. Asi que Otaru arma un plan para llevarla de día de campo. Todo parece ir bien en el día de campo, pero desafortunadamente, unas marionetas en forma de perro, provenientes de Gartland, llegan y se llevan a Lorelei. Goedel, un subordinado de Faust, les informa a todos que si quieren de vuelta a Lorelei, tendrán que entregar a las Marionetas de Otaru, por lo que las encierran. Otaru trata de arreglar la situación, y gracias a un pequeño Ponta se entera donde esta la base de Gartland, a donde consigue entrar y dañar cuanto le es posible. Las marionetas llegan para ayudar a Otaru, y entonces se encuentran con Faust y sus Marionetas, a las que ordena atacar. Al principio parece que lo harán, pero dentro de ellas hay algo que se opone a obecederlo, ya que se volvieron muy amigas de Lime, Cherry y Bloodberry. Panther las ayuda a escapar, y Tiger desobedece a Faust, lo que provoca que se moleste con ellas y las considere traidoras. Panther y Tiger tratan de quitarse la vida, cada quien por su lado, pero entonces Tiger se encuentra con Faust, el verdadero. El Clon de Fuasto se apodera del Japanessegard (el robot que usaron para llegar a la Mesopotamia) pero no esta funcionando correctamente. Otaru y sus Marionetas van a buscarlo para tratar de detenerlo, pero Panther llega a exigirle a Faust una explicación a todo lo que esta pasando. Tiger llega con el verdadero Faust, que explica que aquél que trataba de tomar el control de nuevo, era sólo un clon. Luchs, que se había quedado con el clon de Faust con ciertas sospechas, regresa al lado de su verdadero amo. Faust-clon y Goedel escapan a Gartland, y ahí Hess, le dice al clon que para tener su identidad debe matar a Faust. Otaru, Faust y sus marionetas, usan el Japanessegard para protegerse de los ataques. Tiger y Lime rescatan a Lorelei, mientras el resto logra destruir al clon. Una vez que las cosas se calman, Faust le dice a Lorelei que tiene pensado irse con sus marionetas nuevamente.

Otaru se dedica a trabajar arduamente, para poder darle unas vacaciones a sus Marionetas. Decide llevarlas a Xi'an (También llamado Shiyan). El viaje es por tren. Cuando llegan a su destino, todos son recibidos por el hermano del emperador, donde disfrutan de un gran banquete. Un hombre llamado Yang Ming, que es el encargado de instruir al pequeño emperador, envenena a Otaru sin que nadie se de cuenta. Yang Ming les dice que para que Otaru mejore, deben buscar unas semillas que existen en un bosque cercano. Lime, Cherry y Bloodberry tratan de conseguirlas, pero las Marionetas de Yang Ming las detienen y las atrapan. Al final la medicina llega a Otaru, que comienza a recuperarse poco a poco. Cuando despierta, se da cuenta de que sus marionetas no estan, y Hanagata le cuenta que desde que fueron por la medicina no han regresado. Otaru también se entera de que ahora lo buscan como si fuera un criminal peligroso. Decide buscar a sus marionetas, pero cuidando también, de que nadie lo atrape. Otaru se encuentra con Lime, que para su desgracia parece no reconocerlo, y asi sin más, sigue con lo suyo. Hess y Yang Ming, borraron la memoria de las Marionetas, y las separaron. Lime es una enfermera, Cherry cuida niños, pero Bloodberry esta en manos de unos maleantes que la maltratan. Bloodberry llega al circo de Akashi, a donde la enviaron a robar. Uno de los payasos la reconoce, y al darse cuenta de que no esta del todo bien, la sigue en secreto, para descubrir lo que sucedia. Al enterarse, corre con Akashi y le informa de la situación, para ir a rescatarla. Una vez en el circo, Akashi ayuda a Bloodberry, y ella se va sintiendo mejor, pero empieza a recordar. Otaru llega al circo, donde se encuentra con Akashi, al decirle que es el dueño de Bloodberry, enfurece y le reclama por tratarla tan mal, y le pide que no se vuelva a acercar a Bloodberry.
Otaru consigue, por fin, encontrar a Lime y a Cherry, pero ellas no lo reconocen y no desean volver con él. Ante un ataque, decide llevarselas, muy a pesar de ellas. Quienes atacan son Byakko, Genbu y Suzaku, las marionetas de Hess y Yang Ming. Otaru, Lime y Cherry llegan al circo donde esta Bloodberry, y entre la batalla, los recuerdos de las marionetas regresan (Esa escena es muy buena, ponen de fondo "Seimeisen no Maria") Las marionetas de Otaru logran ganar la batalla, y el gobierno de Xi'an descubre las intenciones de Hess y Yang Ming, pero por desgracia Hess logra escapar.

Lime, Cherry y Bloodberry siguen con sus vidas, y Otaru siente que ya no lo necesitan, y su condición empeora. Sufre de una fiebre muy grave, pero sus Marionetas regresan con el hasta que pasa lo peor. Hess roba los tres primeros clones de Lorelei. Lime, Cherry y Bloddberry sueñan esa noche con Hess, que les promete darles un cuerpo humano, para que asi puedan ser algo más que simples marionetas para Otaru, pidiendo a cambio sus circuitos virgen. Las marionetas se niegan, pero cuando regresan a ver a Otaru, el ya se ha ido, sin ellas. Las Marionetas se entristecen mucho porque Otaru las dejo, creyendo que fue porque sólo son máquinas, y tratan de seguir con sus vidas, y Otaru, mientras va en el tren de regreso, se encuentra con Faust, que le cuenta lo que Hess estaba planeando. Haber dejado a las marionetas fue un error. Hess los ataca, y les cuenta su verdadero origen. Hess esta tratando de regresar a la tierra, y para activar su nave, llamada Neo-Mesopotamia, necesita los corazones de las marionetas de Otaru.

Lime desesperada, accede a la proposición de Hess. Cherry y Bloodberry la siguen y tratan de impedirlo. Faust y Otaru estan fuera de la nave, y mientras Faust crea un distractor, Otaru se introduce en la nave, y cuando logra liberar a sus marionetas, la nave comienza a funcionar. Todos salen de la nave, pero Lime, Cherry y Bloodberry regresan, para tratar de detener a Hess. Ahi dentro Hess les explica como trata de regresar a la tierra, en su tiempo, para recuperar todo lo que dejó. Los circuitos virgenes sirven para poder obtener información de la Mesopotamia, de como abrir un agujero de gusano, para regresar a la tierra.

Las marionetas tratan de enfrentar a Hess, pero su poderosa marioneta se los impide. Cuando al fin Hess llega al otro lado del agujero, se da cuenta de que no viajó en el tiempo, y frustrado, muere. Lime, Cherry y Bloodberry no pueden volver, ya que la nave carga una bomba. Pero cuando esta hace explosion, las almas de las marionetas viajas hasta Terra II, y entran en el cuerpo de los tres pequeños clones de Lorelei.

Otaru cria a las pequeñas como si fueran sus hijas. Ellas conservan la personalidad de las marionetas. Siete años después, las niñas llevan una vida normal, asistiendo a la escuela, jugando. Fausto se dedica a estudiar Terra II, Luchs se vuelve conductora de TV, Panther es ahora la editora de Hanagata, que es escritor. Todos son ahora felices, la paz ha regresado a Terra II.